Tematyka badawcza Zakładu Mykologii mieści się obecnie w następujących blokach tematycznych:
Badania taksonomiczno-chorologiczne grzybów podstawkowych (Basidiomycota) – Agaricomycotina (grzyby agarikoidalne i afylloforoidalne), Pucciniomycotina (szczególnie rząd Microbotryales), Ustilaginomycotina, grzybów workowych (Ascomycota) oraz śluzowców (Myxomycetes), szczególnie w Europie i Afryce
Badania taksonomiczno-biogeograficzne wielkoowocnikowych grzybów arktyczno-alpejskich w wyspowych alpejskich siedliskach Karpat i innych gór Europy Środkowej
Badania różnorodności gatunkowej śluzowców przyśnieżnych w górach świata
Bioróżnorodność czarnych drożdży na skałach i skalnych zabytkach
Powiązania grzybów workowych z żywicielem Dryas octopetala
Badania populacji grzybów w ekstremalnych środowiskach (wysokie masywy górskie, jaskinie i kopalnie)
Taksonomia, filogeneza, ekologia, chorologia i ochrona grzybów afylloforoidalnych zasiedlających martwe drewno w lasach pierwotnych północnej i południowej półkuli
Grzyby kortycjoidalne Polski – zróżnicowanie taksonomiczne, rozmieszczenie, ekologia i ochrona, ze szczególnym uwzględnieniem różnorodności gatunkowej na obszarach chronionych.