Tematyka badawcza Zakładu Mykologii mieści się obecnie w następujących blokach tematycznych:

Badania taksonomiczno-chorologiczne grzybów podstawkowych (Basidiomycota) – Agaricomycotina (grzyby agarikoidalne i afylloforoidalne), Pucciniomycotina (szczególnie rząd Microbotryales), Ustilaginomycotina, grzybów workowych (Ascomycota) oraz śluzowców (Myxomycetes), szczególnie w Europie i Afryce

Badania taksonomiczno-biogeograficzne wielkoowocnikowych grzybów arktyczno-alpejskich w wyspowych alpejskich siedliskach Karpat i innych gór Europy Środkowej

Badania różnorodności gatunkowej śluzowców przyśnieżnych w górach świata

Bioróżnorodność czarnych drożdży na skałach i skalnych zabytkach

Powiązania grzybów workowych z żywicielem Dryas octopetala

Badania populacji grzybów w ekstremalnych środowiskach (wysokie masywy górskie, jaskinie i kopalnie)

Taksonomia, filogeneza, ekologia, chorologia i ochrona grzybów afylloforoidalnych zasiedlających martwe drewno w lasach pierwotnych północnej i południowej półkuli

Grzyby kortycjoidalne Polski – zróżnicowanie taksonomiczne, rozmieszczenie, ekologia i ochrona, ze szczególnym uwzględnieniem różnorodności gatunkowej na obszarach chronionych.