Instytut Botaniki im. W. Szafera Polskiej Akademii Nauk w Krakowie posiada uprawnienia do nadawania następujących stopni naukowych:

• doktor nauk ścisłych i przyrodniczych w dyscyplinie nauk biologicznych;
• doktor habilitowany nauk ścisłych i przyrodniczych w dyscyplinie nauk biologicznych.

Podstawa prawna: art. 174 ust. 3 i art. 178 w zw. z art. 179 ust. 1 i 3 ustawy z dnia 3 lipca 2018 r. Przepisy wprowadzające ustawę – Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce (Dz. U. z 2018 r. poz. 1669 ze zm.).