Instytut Botaniki im. W. Szafera Polskiej Akademii Nauk przez 67 lat działalności IB PAN zyskał opinię ważnego punktu na mapie polskich instytucji naukowych zajmujących się różnymi dziedzinami botaniki. Obecnie, z zespołem 45 naukowców, jest nowoczesną placówką zajmującą się szerokim spektrum badań prowadzonych we współpracy interdyscyplinarnej i międzynarodowej, w wymienionych niżej dziedzinach, dotyczących roślin naczyniowych, mszaków, glonów, śluzowców i grzybów (w tym porostów). Zatrudnieni tu naukowcy są żywo zainteresowani procesami ekologicznymi zachodzącymi na różnych poziomach organizacji, począwszy od molekularnego, poprzez osobniczy, populacyjny i ekosystemowy, aż po zjawiska obserwowane w całej biosferze. IB PAN w swojej działalności łączy tradycję rozwijania kolekcji botanicznych z aktualnymi nurtami badawczymi, w tym badaniami molekularnymi (podejmując m.in. badania z zakresu genomiki muzealnej) oraz ekochemii. Badania prowadzonymi są z wykorzystaniem współczesnych narzędzi badawczych, takich jak np. sekwencjonowanie nowej generacji. Instytut jest jednym z ważniejszych środkowoeuropejskich ośrodków badawczych w zakresie bioróżnorodności, a wśród jego celów strategicznych jest dokumentowanie różnorodności biologicznej świata. Posiadane zbiory należą do największych w kraju naukowych kolekcji botanicznych i mykologicznych. IB PAN Bierze czynny udział w wieloaspektowych badaniach bioty całego świata: Antarktyki, Antarktydy, Afryki, obu Ameryk, Azji, Australii i Europy. Aktualne obszary działalności IB PAN to:

• biogeografia molekularna i systematyka;
• ewolucja i interakcje organizmalne; 
• ekologia funkcjonalna i ewolucyjna; 
• paleo-, archeobotanika i badania paleośrodowiska.

Wybrane tematy badawcze realizowane w 2019 r.

Zakład Roślin Naczyniowych:

• Taksonomia, zmienność genetyczna i chorologia krytycznych lub słabo poznanych grup roślin naczyniowych Polski m.in. gatunków z rodzajów Oenothera, Agrimonia i Leucoium oraz Elymus, Agrostis, Calamagrostis, Deyeuxia i Zingeria;
• Filogeografia gatunków kserotermicznych w Europie;
• Filogeografia porównawcza, ewolucja i zmienność genetyczna wybranych gatunków bioty siedlisk górskich i polarnych;
• Filogeografia i systematyka wybranych grzybów zlichenizowanych w ekosystemach górskich.

Zakład Briologii

• Taksonomia i filogeneza rodziny Grimmiaceae.

Zakład Fykologii:

• Różnorodność euglenin (Euglenophyta) świata w aspekcie zmian środowiskowych;
• Bioaktywne związki syntetyzowane przez sinice i glony;
• Taksonomia i ekologia zielenic (Chlorophyta) ze szczególnym uwzględnieniem Pediastrum;
• Zróżnicowanie morfologiczne i taksonomiczne stomatocyst złotowiciowców w Afryce;
• Kryptofity (Cryptophyceae) Polski – taksonomia i ekologia.

Zakład Mykologii

• Powiązania ewolucyjne oraz zróżnicowanie biologiczne grzybów z rzędu Ustilaginales;
• Grzyby zasiedlające skały oraz materiały budowlane;
• Taksonomiczno-biogeograficzne badania porównawcze grzybów i śluzowców obszarów górskich.

Zakład Lichenologii

• Pokrewieństwa filogenetyczne i zróżnicowanie morfologiczne grzybów zlichenizowanych w obszarach tropikalnych Boliwii;
• Delimitacja gatunków i filogeneza porostów z rodziny Teloschistaceae;
• Ekologia i systematyka porostów perytecjowych;
• Specjacja i koncepcja gatunku w symbiozie porostowej Lecanoromycetes.

Zakład Ekologii:

• Rola cyklotydów w mechanizmach obronnych roślin;
• Interakcje roślina-gleba-mikroorganizmy glebowe w zbiorowiskach leśnych i nieleśnych ze szczególnym uwzględnieniem roślin inwazyjnych;
• Interakcja pomiędzy obfitością owocowania jarzębiny a dynamiką populacji motyla liścinka jarzębiaczka w karpackim borze górnoreglowym;
• Zależności między strukturą lasu a liczebnością strzyżyka w Puszczy Niepołomickiej;
• Zmiany produktywności drzewostanu w warunkach ocieplenia klimatu, w ujęciu przestrzennym i czasowym.

Zakład Paleobotaniki

• Bioróżnorodność i paleoekologia triasowych i jurajskich stanowisk w Polsce i Europie;
• Flora, roślinność i stratygrafia paleogenu i neogenu Polski w świetle wyników analiz palinologicznych, mikroszczątki grzybów i palinomorf niepyłkowych;
• Rekonstrukcje zmian klimatu, środowiska oraz wpływu człowieka w plejstocenie i holocenie w oparciu o analizę palinologiczną i makroszczątkow roślin;
• Przemiany zbiorowisk leśnych na podstawie badań antrakologicznych stanowisk archeologicznych i naturalnych z terenu Polski;
• Historia roślin uprawnych i użytkowych na podstawie badań archeobotanicznych.

Centrum Edukacji Przyrodniczej

• Flora Polski – Rośliny Naczyniowe;
• Taksonomia, chorologia i filogeneza mchów ze szczególnym uwzględnieniem południowych obszarów polarnych;
• Grzyby ekstremofilne (GE): aspekty geomikrobiologiczne, symbiotyczne i ekofizjologiczne oraz zastosowanie GE w biotechnologii.